面向斑马鱼的革命性基于 AI 的图像分析软件

IDEA Bio-Medical 自豪地推出 Athena 斑马鱼 – 斑马鱼检测的下一代产品。我们新的、独特的专用分析软件用于斑马鱼显微镜图像的自动分析，以高通量格式提供斑马鱼幼虫荧光的简单快速量化、形态变化和其他表型特征的测量。

Athena Zebrafish 适用于广泛的研究人员，并接受几乎所有显微镜制造商的多种图像格式类型输出。

该软件允许使用简单的明场图像进行无参数的斑马鱼分析。它会自动检测斑马鱼胚胎和长达 5 天大的幼虫 （dpf），提取鱼的轮廓及其大部分内部解剖结构：卵黄囊、眼睛、结节等，以及头部、躯干和尾巴的身体区域。

对于这些对象中的每一个，该软件都会测量形态（面积、长度和形状），并可以检测相关颜色通道中的荧光。支持特定解剖结构中的荧光强度和点/结构检测。

特征

斑马鱼 （Danio rerio） 是一种有吸引力的人类疾病病理学研究模式生物，因为它们具有光学透明度和遗传易处理性。由于成本、通量和减少的伦理问题，它们是哺乳动物筛查的绝佳替代方案。

由于需要检测的器官和特征的多功能性，斑马鱼的自动化分析提出了独特的要求。

为了提高通量、稳健性并允许对斑马鱼进行无偏图像分析，IDEA Bio-Medical 开发了一种基于 AI 的新型软件，可自动检测明场图像中的鱼轮廓和内部解剖结构。通过识别这些难以检测的结构，我们的软件可以维护相关荧光信号的解剖环境，从而在斑马鱼中实现真正的高内涵成像。因此，斑马鱼的形态以及区域特异性斑点/细胞计数和荧光强度测量很容易量化。

• 快速简单的用户界面

• 专为非图像分析专家设计

• 兼容商用显微镜的图像

• 最快&最简单的斑马鱼图像筛选工具

• 基于新型人工智能的鱼类和器官识别算法

• 无需用户干预即可在明场中轻松检测鱼类和内脏

• 与荧光标记相结合进行结构共分析

• 通过可定制的、基于软件的选择，确保在后分析中鱼群的正确方向

• 适用于每周只对几条鱼进行成像的研究人员，以及在多孔板中对成百上千条鱼进行大规模筛选的研究人员。

• 软件接受任何显微镜图像，支持来自徕卡、蔡司、尼康等供应商的手动显微镜或自动成像系统的多种图像格式。

• 无与伦比的通量：在几分钟内分析数百只斑马鱼幼虫

• 分析无标记或荧光标记的鱼和内细胞器

• 通过支持的单平面、Z 堆栈和投影图像图像分析，从头到尾分析鱼幼虫

配置

计算机要求

• 可用硬盘空间：最低 6GB。

• 最低 8GB RAM，**是 16GB。

• 至少 2 个内核，**是 8 个。

• 监视器屏幕：为确保适当的软件可见性，屏幕分辨率应至少设置为 1920×1080，文本缩放比例应设置为 100%。

图像格式

Athena Zebrafish 支持加载各种图像格式，无论是否包含关联的元数据。图像必须是 8 位或 16 位灰度图像，因为不支持 RGB 彩色图像。

如果没有元数据，支持的图像格式为 *.tif、*.tiff、*.png、*.bmp、*.jpg、*.jpeg。对于这些格式，用户可以手动定义像素大小，软件可以识别单独图像文件中存在的相关颜色通道。要将颜色通道组合在一起，每个图像的文件名中应包含标识文本，例如 Brightfield_01.tif、Green_01.tif Red_01.tif。当每个页面对应于 Z 堆栈或 T 堆栈（延时）时，接受多页面 *.tif 图像堆栈。每个 Z 或 T 切片都单独分析，不支持 3D 渲染。

在加载 OME-TIFF 和专有格式（*.czi、*.nd2 等）时，Athena 可以自动提取以下关联的元数据：

1. 每张图像的尺寸：井、井场、波长、时间索引、Z 堆栈索引。

2. 像素大小

3. 板块信息

4. 目的

图像特征

Athena 斑马鱼有四个要求才能在显微照片图像中可视化斑马鱼胚胎或幼虫：

1. 支持斑马鱼幼虫和胚胎的分析，高达 5 DPF（受精后 5 天）。

2. 斑马鱼动物必须使用透射光进行成像，以进行轮廓和解剖结构检测。不支持全身荧光图像。

3. 透射光通道必须具有亮（白色）背景。使用标准明场照明而不是对比增强透射光方法（即相差，DIC）成像的斑马鱼获得**结果。

4. 整个动物必须在图像中从头到尾可见。尚不支持仅可视化特定区域（如心脏或尾鳍）的图像。