在这次采访中，伦敦卫生与热带医学学院 （LSHTM） 的 Serge Mostowy 教授和 Sydney Miles 讨论了他们对 Flexneri 志贺氏菌和肠道病原体的研究。他们在活斑马鱼体内的单细胞水平上可视化了福氏志贺氏菌感染。使用自动成像和分析，他们同时量化细菌复制以及宿主反应和存活率，以以前无法实现的分辨率研究先天免疫反应。他们特别关注 IDEA Bio-Medical 的新型自动化、人工智能驱动的分析软件 ，该软件可以按次付费的方式下载。您能否介绍一下自己，您是做什么的，并简要描述一下您的研究？在获取所需样品信息时，您面临的主要挑战是什么？与其他更传统的方法相比，像 Athena 软件这样的工具有什么优势？Athena

当您开始开发 Athena 软件时，您花了多长时间才能独立并使用它提高工作效率？

悉尼万里行邮票：我**次打开 Athena 软件时，我与 IDEA Bio-Medical 进行了视频通话，他们与我一起运行了该软件，演示了如何使用该程序。从那时起，我花了大约一周的时间才完全独立。

在典型的实验中，我将使用 96 孔板，这样我最多可以在里面放 96 条鱼。在我的实验中，我每周在 3 个单独的实验中分析 60 条鱼 [在 96 孔板中]，每月分析数百条鱼。

显然，计算它们会花费很长时间，从而限制了我进行实验的时间。Athena 加快了我可以工作的速度。

您是从什么时候开始从手动成像和图像分析转向寻找自动化解决方案的？

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塞尔吉·莫斯托维：我很幸运地获得了 ERC 整合器资助，使我们能够购买高内涵、高通量显微镜，这是我实验室的一个全新研究方向。然后，我们能够摆脱一次感染六到十几只幼虫的感染，转而使用 96 孔板。

然而，对于这些不同的显微镜，你需要分析工具的创新，这就是 Athena 帮助我们的地方，因为尽管我们以更快的速度生成数据，但学生手动量化已不再可行。它只是占用了太多时间。

现在，我们在两到三天内准备和收集数据，因为所有分析都是实时的，然后将这些图像插入 Athena 软件。

只需点击几下按钮，我们现在就可以分析斑马鱼幼虫的感兴趣区域，并以以前无法想象的规模可靠地量化事物。使用这些新的软件方法，我们能够**限度地利用离开工作台的时间。

这项技术为您的实验室带来了什么？

塞尔吉·莫斯托维：Athena 改变了我们的雄心壮志。我们有一些研究问题，我们已经获得了资金来尝试回答，但现在我们可以在更大的范围内做事。因此，我们现在可以量化数百甚至数千条斑马鱼，而不是在一些图表中量化十几二十条斑马鱼。

斑马鱼感染领域的特点是依赖于斑马鱼的生存或使用旧技术的细菌负荷等因素。现在有了 Athena，随着时间的推移，活幼虫分析可以以更高的分辨率进行，从而放大我们的发现潜力。

事情可以以更快的速度发生，而且量化也更可靠。错误减少了，我不再担心分析数据中的人与人之间的差异，因为该软件消除了这种偏差。

总体而言，我们对发现的雄心得到了增强，因为我们可以取得更多成就，而且量化结果更加可靠。它为我们的研究增加了一个新的维度。

很容易实施该软件来计数鱼中不同的细胞类型或不同的感染部位。因此，仅仅因为这种鱼适合显微镜检查，Athena 就真正认识到了它为新发现做出贡献的能力。

悉尼万里行邮票：支持非常好——我与 IDEA Bio-Medical 就 Athena 有直接联系，这非常有帮助。

我使用 Athena 的主要目的是计算整条鱼中的单个细胞。设置一次参数，然后返回它并为每个实验使用相同的参数的功能从根本上改变了我的事情，让我变得更好。

您认为您的工作下一步将如何发展，有何影响？

塞尔吉·莫斯托维：这个问题我思考了很多。我们希望将软件推向极限，并帮助推动未来的创新，从而真正使整个斑马鱼社区受益。

当我们在帮助开发软件的同时发布我们的研究时，我认为这将使整个社区的科学更加强大。

我也真的想**限度地发挥我们科学的雄心壮志。正如我之前提到的，我们现在要研究 96 孔板。我们现在有能力筛选 12,000 个化合物库，以**限度地利用斑马鱼作为感染模型，使我们更接近于了解人类疾病。随着显微镜的改进，随着分析显微镜图像的软件变得更好，我们将鱼类的发现转化为有朝一日更好地了解人类疾病的能力也在提高。

塞尔吉·莫斯托维：我叫 Serge Mostowy，是位于伦敦市中心的伦敦卫生与热带医学学院的细胞微生物学教授。

在实验室中，我们专注于控制细菌感染的新方法。我们重点关注的细菌病原体是福氏志贺氏菌。它是一种非常重要的人类病原体，每年导致数亿次疾病发作，但它也是先天免疫反应的一种发现范式，历史上在该领域取得了许多发现。

我们认为，如果我们继续使用 Shigella，我们可以继续发现令人惊叹的事物。为了产生转化影响，我们专注于从单个传染性细菌细胞到整个动物的结果。因此，我们利用斑马鱼幼虫来了解整个动物对志贺氏菌感染的反应。

悉尼万里行邮票：我叫 Sydney，是伦敦卫生与热带医学学院 Serge Mostowy 实验室的博士生。我的项目重点是研究肠道病原体的进化。这基本上涉及收集一堆不同背景的菌株，我们用它们感染斑马鱼，以试图了解是什么让一种菌株比另一种菌株更好。

我们寻找宿主反应的差异，例如斑马鱼中中性粒细胞和巨噬细胞的数量如何随时间变化。这将帮助我们理解为什么某些菌株比其他菌株更能感染人类。

塞尔吉·莫斯托维：感染的细胞生物学或细胞微生物学是显微镜技术进步的代名词。新型显微镜的发展速度比 iPhone 更快。现在真的是一个绝佳的时机，可以以以前不可能的分辨率可视化感染过程。为了可视化从单细胞水平到整个动物的感染，我们使用斑马鱼幼虫。

就挑战而言，以其他实验室无法达到的分辨率跟踪细胞或感染过程，需要最高分辨率的显微镜。它还需要更好的工具来分析和了解感染过程。

您不仅要注释和表征感染的类型、部位和传播，而且量化细菌复制、整个动物的存活和宿主反应也很重要。随着显微镜的不断发展，需要更好的工具来了解和量化感染过程。

塞尔吉·莫斯托维：这是一个激动人心的时刻，因为 Athena 软件等工具使我们能够以以前无法实现的速度和分辨率量化参数，而这在以前必须手动量化。

现在，借助 Athena 等工具，此过程是完全自动化的，支持更多高通量分析技术并消除用户偏差。这些发展对我的实验室来说是变革性的，尤其是我们现在做事的速度。

悉尼万里行邮票：一次对 60 种不同的鱼进行研究确实很有挑战性，而且通常需要几个小时才能坐在那里手动计数。但是，Athena 的引入显著加快了我们能够取得的进展。

当您开始开发 Athena 软件时，您花了多长时间才能独立并使用它提高工作效率？

悉尼万里行邮票：我**次打开 Athena 软件时，我与 IDEA Bio-Medical 进行了视频通话，他们与我一起运行了该软件，演示了如何使用该程序。从那时起，我花了大约一周的时间才完全独立。

在典型的实验中，我将使用 96 孔板，这样我最多可以在里面放 96 条鱼。在我的实验中，我每周在 3 个单独的实验中分析 60 条鱼 [在 96 孔板中]，每月分析数百条鱼。

显然，计算它们会花费很长时间，从而限制了我进行实验的时间。Athena 加快了我可以工作的速度。

您是从什么时候开始从手动成像和图像分析转向寻找自动化解决方案的？

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塞尔吉·莫斯托维：我很幸运地获得了 ERC 整合器资助，使我们能够购买高内涵、高通量显微镜，这是我实验室的一个全新研究方向。然后，我们能够摆脱一次感染六到十几只幼虫的感染，转而使用 96 孔板。

然而，对于这些不同的显微镜，你需要分析工具的创新，这就是 Athena 帮助我们的地方，因为尽管我们以更快的速度生成数据，但学生手动量化已不再可行。它只是占用了太多时间。

现在，我们在两到三天内准备和收集数据，因为所有分析都是实时的，然后将这些图像插入 Athena 软件。

只需点击几下按钮，我们现在就可以分析斑马鱼幼虫的感兴趣区域，并以以前无法想象的规模可靠地量化事物。使用这些新的软件方法，我们能够**限度地利用离开工作台的时间。

这项技术为您的实验室带来了什么？

塞尔吉·莫斯托维：Athena 改变了我们的雄心壮志。我们有一些研究问题，我们已经获得了资金来尝试回答，但现在我们可以在更大的范围内做事。因此，我们现在可以量化数百甚至数千条斑马鱼，而不是在一些图表中量化十几二十条斑马鱼。

斑马鱼感染领域的特点是依赖于斑马鱼的生存或使用旧技术的细菌负荷等因素。现在有了 Athena，随着时间的推移，活幼虫分析可以以更高的分辨率进行，从而放大我们的发现潜力。

事情可以以更快的速度发生，而且量化也更可靠。错误减少了，我不再担心分析数据中的人与人之间的差异，因为该软件消除了这种偏差。

总体而言，我们对发现的雄心得到了增强，因为我们可以取得更多成就，而且量化结果更加可靠。它为我们的研究增加了一个新的维度。

很容易实施该软件来计数鱼中不同的细胞类型或不同的感染部位。因此，仅仅因为这种鱼适合显微镜检查，Athena 就真正认识到了它为新发现做出贡献的能力。

悉尼万里行邮票：支持非常好——我与 IDEA Bio-Medical 就 Athena 有直接联系，这非常有帮助。

我使用 Athena 的主要目的是计算整条鱼中的单个细胞。设置一次参数，然后返回它并为每个实验使用相同的参数的功能从根本上改变了我的事情，让我变得更好。

您认为您的工作下一步将如何发展，有何影响？

塞尔吉·莫斯托维：这个问题我思考了很多。我们希望将软件推向极限，并帮助推动未来的创新，从而真正使整个斑马鱼社区受益。

当我们在帮助开发软件的同时发布我们的研究时，我认为这将使整个社区的科学更加强大。

我也真的想**限度地发挥我们科学的雄心壮志。正如我之前提到的，我们现在要研究 96 孔板。我们现在有能力筛选 12,000 个化合物库，以**限度地利用斑马鱼作为感染模型，使我们更接近于了解人类疾病。随着显微镜的改进，随着分析显微镜图像的软件变得更好，我们将鱼类的发现转化为有朝一日更好地了解人类疾病的能力也在提高。